Лабораторията за протеомен анализ е оборудвана със:
Система за протеомен анализ (закупена по проект „Развитие на научна инфраструктура)
Система за вертикална полиакриамидна гел-електрофореза и Скенер за двудименсионални гелове, получени чрез Differential in Gel Electrophoresis (DIGE), с възможност за едновременна детекция на повече от две флуоресцентни бои и софтуер за обработка на данните, получени при сканирането на DIGE-гелове (закупени по проект ReProForсe към 7ма РП на ЕС)