На национално равнище:
Институтът осъществява научно сътрудничество с институти от системата на БАН, работещи в областта на биологичните науки (Институт по молекулярна биология, Инситут по физиология, Институт по експериментална морфология и антропология, Институт по микробиология); с Медицинския Университет – гр.София и гр. Плевен, с Ветеринарния факултет към ЛТУ-гр. София, НЦЗПБ, ЦВМИ, МЗГ и редица държавни и частни клиники и болници (Окръжна болница, ІАГ болница “Св. София”, УБ“Царица Йоанна”, СБЛАГ “Майчин дом”, СБЛАГ “д-р Щерев”, МЦ “Репробиомед”, АГ център “Димитров”) и др.
Институтът сътрудничи със специалисти от Института по планинско земеделие и животновъдство,гр. Троян; Институт по животновъдство, Костинброд; Хибриден център по свиневъдство,гр.Шумен; Изпълнителна агенция за селекция и репродукция в животновъдството,гр. София; Центрове за изкуствено осеменяване, гр. София и гр. Сливен; Свинекомплекс “Кембъроу”, Благоевград; Свинекомплекс “Белсуин”, гр. Каварна; Свинекомплекси в с. Стамболово, с. Слънчево и други частни животновъдни фирми и организации.
Международно сътрудничество
Учени от Института имат традиционни връзки и сътрудничество за post doc програми, обучение на млади учени и размяна на лектори с водещи лаборатории и институти в Япония, Франция, САЩ, Австрия, Германия, Швеция и Словакия. Те участват в съвместни научни проекти с Академията на науките в: Чехия, Полша, Гърция, Израел, Египет, Китай, Украйна, Виетнам, Македония. Разработвани се проекти и се провеждат съвместни изследвания със следните институти:
1. German Cancer Research Center, Germany
2. University of North Carolina, USA
3. Albert Einstein College of Medicine, New York, USA
4. Institute of Molecular Genetics, Prague, Academy of Sciences of Czech Republic
5. Jagiallonian University, Institute of Zoology, Krakow, Polish Academy of Science
6. Medical Faculty, Umea University, Umea, Sweden
7. Department of endocrynology and methabolism, University of Viena, Viena, Austria
8. Department of Obstetrics and Gynecology, Hyogo College of Medicine, Japan
9. Laboratoire d’immunologie, INSERM U430, Immunopathologie Humaine, Hopital Broussais, France
10. ARSEP- INSERM U430, Immunopathologie Humaine, France
11. PECO- INSERM U430, Immunopathologie Humaine, France
12. Est-Ouest- INSERM U430, Immunopathologie Humaine, France
13. Department of Physiology, University of Basel, Switzerland, SCOPES
14. Maine Medical Centre Research Institute, Portland, Maine, USA
15. Department of Biochemistry, University Paris 7 “D.Diderot”, Paris, France
16. Institute of Animal Physiology and Nutrition, Polish Academy of Sciences, Warshaw
17. Max-Planck Institute of Psychiatry, Munich, Germany
18. Basic Research Division, Jenapharm GmbH, Germany
19. Universite Louis Pasteur, Strasbourg, France
20. Veterinary Research Institute, Brno, Czech Republic
21. Clinic of Andrology, Institute of Urology and Nephrology, Kiev, Ukraine
22. Institute Animal Production, Dummersdorf, Germany
23. University of Florida, Gaisville, USA
24. Research Institute of Animal Reproduction, Nitra, Czech Republic
25. Institute of Physiology and Genetics of Animal, Libehov, Czech Republic
26. Institute of Biotechnology, Academy of Sciences of Czech Republic, v.v.i., Prague
27. National Research Center, Academy of Scientific Research and Technology, Cairo, Egypt
28. Institute of Biotechnology, Vietnam Academy of Sciences and Technology, Vietnam
29. Institute of Zoology, Chinese Academy of Science, China
30. The Animal Production Research Institute of Komotini, National Foundation of Agriculture Research, Greece
31. University of Warmia and Mazury in Olsztyn, Department of Animal Biochemistry and Biotechnology
32. Institute of Cryobiology and Cryomedicine, Ukraine Academy of Science
33. French National Institute for Health and Medical Research, Франция
34. University of Essex – UK, Англия
35. Friedrich Schiiler University – Jena, Германия
36. Clinic for Endocrinology and Reproduction-Germany, Германия
37. University of Veterinary Medicine, Австрия
38. Center for Stem Cell Research – University of Milan, Италия
39. Wageningen University – The Netherlands, Холандия